美保館的起源可追溯至平安時代末期。自室町時代起經營迴船批發商與船宿，在作為北前船停靠港而繁榮的美保關持續經商。明治41年（1908年）完工的本館，於平成16年（2004年）成為國家登錄有形文化財，至今仍作為早餐會場與活動舞台迎接賓客。
- 平安時代末期 1180年在石橋山之戰中落敗的源氏方武將・松田十郎藤原朝臣定秀輾轉來到美保關，定秀家由此開始。
- 室町時代〜以「東」「北國屋」「和泉屋」三家店為中心，經營迴船批發商、捕鯨業、錢莊等事業。此後近700年，持續在美保關經商。
- 江戶時代在因北前船貿易而繁榮的美保關，北國屋成為負責北國七國迴船的最大規模迴船批發商。
- 明治38年（1905年）隨著山陰地區鐵路開通、海運逐漸衰退，以船宿事業為支柱轉型經營旅館業。開始興建美保館本館。
- 明治41年（1908年）美保館本館落成。
- 昭和7年（1932年）夏俳人高濱虛子曾在此逗留，吟詠從本館隔著葦戶眺望的美保關灣。
- 昭和9年（1934年）前後本館增設玻璃天花板與地板，大致成為現今樣貌。於隔著石板路的北側興建北館（現在的別邸和泉屋）。原本的船宿建築遷移至月名小路（現在的別邸 月那離宮）。
- 昭和54年（1979年）7層樓的新館落成。大部分業務移至新館，本館除部分區域外暫停營業（持續保有旅館營業許可並進行維護）。
- 昭和61年（1986年）10月浩宮德仁親王殿下（現今的天皇陛下）蒞臨本館。
- 2000年代隨著古建築重新受到重視，本館再度作為早餐會場、宴會廳及婚宴會場營業。每日限定一組的婚宴大受歡迎，春秋兩季幾乎每週舉辦。
- 平成16年（2004年）本館與北館（現在的別邸和泉屋）登錄為國家登錄有形文化財，為島根縣首例營業中的旅館獲此登錄。
- 2008年將旅館人氣料理「鯖魚鹽辛」商品化。
- 2009年策劃從青石疊通前往美保神社的新娘遊行，以及在本館舉辦的婚宴，開始經營婚宴事業。
- 2012年成立「株式會社松田十郎商店」。
- 2016年3月美保館舊館（現在的別邸和泉屋）恢復住宿營業。
- 2018年在本館中庭舉辦的音樂會超過30場，成為展覽、攝影會等各式活動的舞台。
- 2019年（令和元年）陸續翻新自有的4棟古民家。於別邸和泉屋新設可眺望庭園的半露天風呂，並開設別邸 月那離宮・別邸 大正館 柘榴・神邑。於本館開設 BAR 神樂-KAGURA-。所有住宿設施的賓客皆可於本館享用早餐與早晨咖啡。
- 2021年（令和3年）本館登錄為松江市登錄歷史建築物（第14號）。
- 2021年春推理作家八木圭一先生的小說《線索就在一盤菜裡 FINAL》以美保關與美保館為舞台。
- 2022年開始經營美保關露營場。
- 2025年於本館一隅新設料亭風格的宴會廳「入船」。
- 現在與島根大學建築學系及松江農林高中造園科的學生合作，持續為古民家旅宿注入新意，包括新設檜木浴池、改造庭園等。
